Компания создана в июле 2013 г. для реализации проекта строительства и эксплуатации 7 и 8 этапов М-11 на основе государственно-частного партнерства
В апреле 2014 г. ООО «Магистраль двух столиц» победило на открытом конкурсе на право заключения концессионного соглашения о финансировании, строительстве и эксплуатации на платной основе скоростной автомобильной дороги Москва – Санкт-Петербург на участках с 543 по 646 км и с 646 по 684 км. Концессионное соглашение между Правительством Российской Федерации, от имени которого выступает государственная компания «Автодор», и ООО «Магистраль двух столиц» подписано 18 ноября 2014 г. Соглашение заключено на 27 лет: на период строительства до 2019 г. и период эксплуатации до 2041 г.
3 сентября 2019 года открылось движение по 7-ому этапу трассы М-11 «Москва – Санкт-Петербург» от Мясного Бора до Тосно. А 27 ноября 2019 года дан официальный старт движению по последнему, восьмому, участку трассы М-11, который примыкает к кольцевой дороге вокруг Петербурга.
Федеральная трасса М-11, получившая при открытии название «Нева», эксплуатируется на платной основе. Бесплатной ее альтернативой остается автомобильная дорога М-10 «Россия».
Эксплуатация скоростной автомобильной дороги М-11 «Нева» на участках 546 – 684 км осуществляется Обществом с ограниченной ответственностью «Магистраль двух столиц» с привлечением Общества с ограниченной ответственностью «Оператор скоростных автомагистралей Северо-Запад» (ОГРН 1167746635077).
Во время пандемии компания соблюдает все санитарно-гигиенические требования.